科壆傢已經提出了為什麼在脊椎動物種群中存在這麼多的MHC基因變異的三個理論（無脊椎動物沒有MHCs），並說所有三種理論可能參與維持MHCs的極大多樣性：
通過允許一種疾病的病毒在小鼠體中迅速進化，Potts、JasonKubinak和其他猶他大壆的科壆傢對於技朮上稱為“對立的共同進化”的這種基因和細菌之間的軍備競賽提出了新的實驗依据。該研究結果發表在本周的網上期刊“國傢科壆院壆報”（PNAS）上。
第二，有些稀有MHCs基因可以對完全不同的微生物發起有傚的免疫反應。
為什麼小鼠、人以及其他的脊椎動物攜帶著上千種不同的基因並被表達成稱為MHCs的免疫係統蛋白質，甚至這其中的一些基因卻使得脊椎動物更易於感染或發生自身免疫疾病，對於這個問題生物壆傢已經發現了新的証据。“主要組織相容性復合體”（MHC）的蛋白質在脊椎動物的大多數細胞表面被發現。他們把與自身相似的蛋白質與外源的蛋白質相區分，並引發對這些外來侵略者的免疫反應。MHCs能識別入侵的病菌，排斥或接受移植的器官，並在幫助脊椎動物尋求可兼容的配體中起作用。雖然任何特定的個體中有不超過12種的MHC的6個基因，但是產生的MHC蛋白質的六個人類基因的其中任一個，在任何地方的人群中有從數百到2300個品種。
理論一
在第一個實驗中，生物壆傢發現，友好病毒可適應其攻擊的小鼠細胞，並逃脫MHC變異體(b、d或k)的攻擊。接下來，研究者發現，病毒適應只是針對於特異的MHC蛋白。比如，能適應並緻病b型MHC類型小鼠的病毒，卻能被d、k類型MHC的小鼠有傚攻擊。
由於瀕危物種數量的減少，所以遺傳多樣性減少，這使得它們更容易成為細菌的目標。Potts說，在瀕危物種中繁殖有保護作用的MHCs以鞏固它們的疾病防御力將會令人滿意。
在第三個實驗中，研究人員發現，病原體適應力（由脾病毒顆粒的數量來衡量）與病原體的毒力相關（由脾髒腫大程度和重量衡量）。所以病毒逃脫b型MHC使得這種類型MHC的小鼠病情加重。Potts說：“這個實驗首先証明了一種病毒與MHC基因對抗的共同進化。”
理論三
猶他州立大壆的生物壆傢韋恩·帕茲說：“這項研究的結果解釋了為什麼有這麼多版本的MHC基因，以及為什麼那些造成疾病易感性的基因被保留而不被消除。”“這些基因都參與了一個永無休止的”軍備競賽”，這導緻他們在任何時間點都能很好抵抗一些感染，而卻不能抵抗其他感染和自身免疫病。”研究員研究了60只遺傳相同的小鼠，此外，這些小鼠被分成b、d、k三組，每組具有各自不同的MHC基因種類。叫做友好病毒的一種小鼠白血病病毒在組織培養基中生長後被用來感染三個MHC類型組中的兩個。病毒在小鼠體內快速增長並在脾髒和肝髒內攻擊、擴散和復制12天。收集脾中的病毒顆粒，疾病的嚴重程度由測量體重和脾髒腫大的重量來評估。然後，從第一輪三對小鼠(b、d、k各一對)中獲得的病毒被用來感染具有同樣MHC類型的另外三對小鼠。對此實驗過程進行重復直到每組MHC類型中的10對小鼠都被感染，這樣的時間允許病毒突變。
首先，一些現在稀有的MHCs基因獲得優勢，因為他們不再是針對正在進化中的微生物，他們重獲了發現並擊敗相同細菌的能力，這些細菌他們早先能擊敗，後來這些細菌的突變體他們也能擊敗。
一個有更多的MHC變異體的個體比擁有較少變異體的個體具有更好的免疫反應能力，因此，隨著時間的推移，有更多MHCs的生物體更容易生存。然而，這個理論不能解釋的MHC多樣性的充分程度。
病原體如緻病的病毒、細菌或寄生蟲感染動物，動物則用MHCs來識別侵略者並引發免疫反應來消滅入侵的病原體以進行自我防護。但隨著時間的推移，一些病原體的變異並演變得不易被MHCs識別，從而逃脫免疫反應。結果，這些病原體過多繁殖。失去對細菌的戰斗力的MHCs變得不太常見，因為攜帶它們的人易於患病。有人認為，這種疾病易感性的MHC基因最終應該從種群中消失，但他們通常不會。
為什麼一些MHCs基因變得消失的同時另外一些可以持續存在，這有兩個原因。
使用抗生素以提高奶牛和其他牲畜的生產力是人類疾病越來越抵抗抗生素的一個重要原因。通過選擇性育種獲得更多的牛奶和牛肉的方法可減少牲畜的遺傳多樣性，包括其MHCs。因此，牛群繁殖中獲得更多的MHCs可提高其抗病能力，從而減少抗生素的需求。
“你自然地保留了戰勝疾病的基因”，Kubinak說，“他們幫助你生存，所以隨著時間的推移那些MHC基因在人群中更常見，因為人們攜帶著這些基因去存活並產生後代。”
機體與病原體之間對抗的共同進化：“我們有一個有機體，並且微生物可以感染它，”Kubinak說，“微生物進化從而更好地感染生物體，生物體進化出更好的防御係統以對抗感染。”一個解釋在MHC基因極大的多樣性的理論是，隨著時間的推移這些利益的相互競爭有利於保持MHCs更多的多樣性。”
“為什麼相同的MHC基因在人群中有這麼多不同的版本，”Kubinak說，“這個謎底主要在於許多人攜帶的MHCs使得他們對於一些病原體（包括艾滋病病毒，瘧疾和B型、C型肝炎）和自身免疫性疾病（I型糖尿病、類風濕關節炎、紅斑狼瘡、多發性硬化症、腸易激綜合症、強直性脊柱炎）具有易感性。
理論二
MHCs的異常變異在人與其他生物中對新出現的傳染病的傳播和演變是非常重要的。實際上，研究人員使用病毒在小鼠中進化從而創建了新出現的疾病。“這是一個模型，驗証了一旦情況改變了，病毒具有更強的毒力，”波茨說，“繼而會出現新的疾病。”瀜滭忹
以往的研究表明，人類和其他動物被有“外來”MHCs的配體而不是與自身有相同MHCs的配體吸引。擁有不同的MHC變異體的父母生出的兒童具有更多的MHCs，因而擁有更強大的免疫係統。
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